Im Jahr 2020 erhielt der Warschauer Gelehrte den Internationalen Forschungspreis der Max Weber Stiftung beim Historischen Kolleg. In seinen Forschungen hatte sich Borodziej vor allem mit der Geschichte Polens, Deutschlands und Ostmitteleuropas im 20. Jahrhundert beschäftigt.

In ihrer Begründung für die Preisverleihung betonte die Auswahljury unter Leitung des Präsidenten der Max Weber Stiftung, Hans van Ess, Borodziejs Forscherpersönlichkeit und seine erfolgreiche jahrzehntelange Vermittlungstätigkeit zwischen den Wissenschaftskulturen in beiden Ländern, die unter anderem auch einen wesentlichen Beitrag dazu geleistet habe, die Geschichte des jeweils anderen Landes auch einer breiteren Öffentlichkeit näher zu bringen. Włodzimierz Borodziej hat so erheblich dazu beigetragen, die belastenden Erfahrungen der deutsch-polnischen Geschichte verständlich, konstruktiv und sachlich aufzuarbeiten. In der Nacht vom 11. auf 12. Juli 2021 ist er plötzlich verstorben. Seine Stimme wird in Zukunft fehlen. Wir werden dem Verstorbenen ein ehrendes Andenken bewahren.